V rámci pětiletého výzkumu se podařilo najít patogen, který CFIDS nemoc způsobuje, vyvinout metodu laboratorní diagnostiky tohoto patogenu, také rychlý test na přítomnost patogenu v těle. Podařilo se najít a otestovat řadu účinných léků a několik specifických a především bezpečných metod léčení.

Patogen je v těle velmi rozptýlený (koncentrace ve tkáni 1:1000000, v krvi ještě 1000x méně) a tak ho zatím nelze žádnými současnými metodami objevit.  Jde tedy vždy o diseminovanou formu, kdy velikost parazitický patogen je asi 4 microny. V rámci výzkumu se podařilo objevit neinvazivní sedimentační metodu jež v kombinaci s PCR dokáže prokázat přítomnost patogenu.

Nemoc CFIDS způsobuje neurotoxin, jež tento parazitický patogen produkuje. Neurotoxin je vysoce účinný i v nepatrném množství a způsobí otrávení celého organismu. Tento neurotoxin, paralyzuje především imunitní a nervový systém. Imunitní systém je pouze paralyzovaný (neaktivní) a pouze ve tkáních, přesněji v blízkosti patogenu a tak imunitní test z krve nic neukáže. Protože je patogen v pohybu, pohybují se často i záněty zasažené oblasti a pacienta bolí každou chvíli něco jiného. Částečná paralýza některých nervových zakončení se pak jeví jako únava, proto se tomu říká lidově únavový syndrom, s únavou to ale nemá nic společného, ve skutečnosti jde o částečné ochrnutí. Přítomnost neurotoxinu v organismu je také důvod proč jsou CFIDS pacienti často velmi neurotičtí a přecitlivělí a to je zase důvod, proč je lékaři často posílají na psychiatrii.  Neurotoxin je jen ve stopovém množství, avšak po nočních poceních ho lze cítit na kůži jako pálení. Díky paralýze imunitního systému ve tkáních, pak pacient trpí řadou různých nespecifických zánětů různých orgánů, což dlouhodobě může způsobit i vznik rakoviny. Množství těchto parazitů v organismu a rozsah různých zánětů pak určuje v jak těžkém stavu pacient je, což se v průběhu roku mění a tak pacient nejčastěji osciluje mezi horšími a lepšími obdobími. Je dobré si uvědomit, že se nejedná o jednu nemoc, ale o celou řadu různých nemocí podobně jako AIDS, patogen totiž funguje symbioticky s celou řadou mikroorganismů, například s Chlamydiemi, právě proto je extrémě obtížné diagnostikovat tuto nemoc jen z příznaků. 

Patogen je velice odolný a proti běžným lékům se dokáže snadno bránit, proto se nikdy náhodným užíváním léků nikomu nepodařilo vyléčit. V rámci výzkumu byli otestovány účinné léky a speciální postupy léčení. Běžné hladiny léků dokáže patogen brzy překonat, proto se využívá odezva a buněčný cyklus patogenu, aby se určila dostatečná hladina léků a pacient si nezničil orgány předávkováním léků. Z hlediska účinných látek jsou k dispozici antimykotická, antibiotická, bylinková a naturální léčba.

Všechny popsané metody léčení jsou 100% účinné a mělo by dojít k úplnému vyléčení, pokud jsou aplikovány do jednoho roka  od infekce. U pacientů, kteří to mají již mnoho let, je možné, že už byli zasaženy kosti, kam léky těžko pronikají,  pak dojde po 5 týdnech (po 7 měsících s nejpomalejší bylinkovou léčbou)   k vyléčení jen měkkých tkání, tedy nemoc přejde do latentní formy. Za jak dlouho se patogen dostane do kostí je zřejmě individuální, ale pokud to má někdo již více než 10 let, je velice pravděpodobné, že má také kostní formu (obdoba kostní TBC). Jestli má pacient jen diseminovanou formu nebo také chronickou kostní formu, lze zjistit ze zubů, pokud jsou na zdravých zubech bílé fleky, má také kostní formu. Latentní forma je téměř bez příznaků, s touto formou lze snadno žít, ale není již možno dělat adrenalínové, či fyzicky náročné sporty a člověk již musí být na své zdraví mnohem opatrnější, protože jakákoli infekce může znova spustit nemoc, podobně jako s vyléčenou TBC. U naprosté většiny pacientů, kteří tvrdí, že se vyléčili, přejde nemoc do lehké formy, nebo do této latentní bezpříznakové podoby. U starších lidí může mít tuto nemoc v latentní, nebo lehké formě kolem 10% populace. V teplých krajinách, s celoročním sluncem a tedy stálou dodávkou vitaminu D, není potřeba žádná další léčba, ve studených krajinách, je třeba alespoň v zimních měsících pokračovat s bylinkami. Důležité je, že pacient má nad nemocí plnou kontrolu a pokud se v budoucnu nemoc vrátí, nebo se necítí zcela vyléčen, může léčebný cyklus znovu zopakovat. ATB a naturální léčba je tak účinná, že vyléčí pacienta z toho těžkého stavu velice rychle a tak již nemusí nikdo měsíce a roky strádat. Ale neznamená to, že když se pacient cítí velice dobře, že je zcela zdravý, například běžet maraton nedoporučuji. Úplné vyléčení je možné, závisí však na hladině a době užívání účinné látky, většina pacientů však po zlepšení stavu, náročnou antimykotickou léčbu vysadí předčasně. Je třeba si uvědomit, že pokud již byl zasažen kostní systém a nedošlo tedy k plnému vyléčení, je třeba použít v dalším cyklu vyšší dávkování, které samozřejmě nese vyšší riziko. Nový cyklus je možné u bylinkové a naturální léčby zahájit kdykoli, u ATB a antimykotické léčby je nutné minimálně jeden cyklus - 5 týdnů vynechat na obnovení organismu. Pro mladé pacienty, kteří byli před infekcí  zdraví a neberou tedy žádné další léky, prošly řadou lékařských vyšetření, doporučuji použít kombinovanou léčbu ATB Antimykotika, kde je největší naděje na úplné vyléčení na jeden cyklus.

Jsou dvě generální strategie léčení, intenzivní, jež využívá vysoce účinná léčiva k blokaci množení patogenu po dobu jednoho buněčného cyklu, a dlouhodobá, jež využívá bylinky - přírodní a tedy bezpečná antimykotika. Dlouhodobá bylinková léčba je určena hlavně pro pacienty s chronickou kostní formou, kdy brání návratu nemoci. Je to stejná strategie, jako se využívá při léčení AIDS pacientů.  Pro zabránění návratu nemoci postačí pití čaje z antimykotickych bylin jednou denně. Existují i doplňkové strategie, jako posilování imunitního systému a doplňování vitamínu D, nejlépe sluněním. V létě pro zabránění návratu nemoci postačí, opalování třikrát týdně dvě hodiny. Velice  účinné je také pocení, ale ne v sauně, nejlépe na slunci.

Přítomnost patogenu v těle lze ověřit dvěma nezávislými, zatím nepublikovanými technikami, s vyhodnocením pomocí PCR u pacientů v lehkém stavu, u pacientů v těžkém stavu lze použít kultivaci, a po dlouhodobé sedimentaci, lze patogen dokonce vidět přímo okem.  Bohužel patogen se v krvi vyskytuje  jen  jednou za  5 týdnů a tak v jedné injekční stříkačce může být okolo pěti parazitických patogenů, ale  po odstředění krevních destiček je nula, takže diagnostika z krve je vždy negativní.